Courageusement lui et son petit groupe de rescapés s’attelèrent à la reconstruction morale, spirituelle et matérielle du Diocèse. Le 22 Mars 1997 Monseigneur Alexis HABIYAMBERE, S.J. est ordonné Evêque pour lui succéder et poursuivre cette réhabilitation. Il sera, pendant trois ans, contrecarré par l’atroce guerre dite des infiltrés (abacengezi). Mais après, en quelques années, le Diocèse fut réhabilité. Le Seigneur donna une relève sacerdotale nombreuse et unie. Après sa démission, le 11 Mars 2016 Monseigneur Anaclet MWUMVANEZA, l’Evêque actuel, est nommé pour lui succéder. Il sera ordonné le 21 Mai 2016.
Le 31 Mars 1973 Monseigneur Aloys BIGIRUMWAMI présente sa démission et le 12 Janvier 1974 Monseigneur Vincent NSENGIYUMVA est nommé pour lui succéder. Le 3 Mai 1976 l’Archidiocèse de Kigali est érigé et confié à Monseigneur Vincent NSENGIYUMVA qui reste Administrateur du Diocèse de Nyundo jusqu’à l’ordination épiscopale de Monseigneur Wenceslas KALIBUSHI le 27 Mars 1977.
Dès 1990 le génocide contre les tutsi débute par le massacre des Bagogwe et des Tutsi de la S/Préfecture de Ngororero. Il sera porté à son comble en Avril, Mai, Juin et Juillet 1994. Le Diocèse de Nyundo perdit des milliers de personnes, dont 95 consacrés parmi lesquels on compte 32 prêtres. Monseigneur KALIBUSHI fut humilié et enfermé avec quelques prêtres dans une maison à Gisenyi. Il pourra en être sorti le 19 Juin 1994, passa à Goma et puis à Hervoirt en Hollande. Bien que très malade, il entreprit de chercher des subsides pour rebâtir le Diocèse et redonner la concorde à la population.
Fin 1994 il rentre au Diocèse avec une douzaine de prêtres et trouva la désolation: Evêché saccagé où il ne restait que des murs sans portes ni fenêtres et toutes les archives brulés… Il en était de même dans toutes les Paroisses.
Mais courageusement lui et son petit groupe de rescapés s’attelèrent à la reconstruction morale, spirituelle et matérielle du Diocèse. Le 22 Mars 1997 Monseigneur Alexis HABIYAMBERE, S.J. est ordonné Evêque pour lui succéder et poursuivre cette réhabilitation. Il sera, pendant trois ans, contrecarré par l’atroce guerre dite des infiltrés (abacengezi). Mais après, en quelques années, le Diocèse fut réhabilité. Le Seigneur donna une relève sacerdotale nombreuse et unie. Après sa démission, le 11 Mars 2016 Monseigneur Anaclet MWUMVANEZA, l’Evêque actuel, est nommé pour lui succéder. Il sera ordonné le 21 Mai 2016.
Le Diocèse de Nyundo a une superficie d’environ 4000 km2 et s’étend sur l’entièreté des anciennes préfectures de Gisenyi et Kibuye. Actuellement, il englobe entièrement les Districts de Rubavu, Ngororero, Rutsiro, Karongi et une grande partie du District de Nyabihu ainsi que quelques secteurs du District de Nyamasheke.